云南省生態環境科學研究院直屬云南省生態環境廳，建院于1976年，原稱云南省環境科學研究所，2004年4月經云南省編辦批準，由所改院。2003年，云南省人民政府批準成立“中國昆明高原湖泊國際研究中心”，實行與院一套人員、兩塊牌子方式運作至今。2018年12月更名為云南省生態環境科學研究院。 

　　主要職責：開展生態環境科研、技術應用與推廣，為生態環境管理決策、生態環境保護、重大建設項目等提供技術服務。 

　　人員編制：全院事業編制155人，實有141人;企業聘用150余人，現總計實有290余人。其中博士23人、碩士83人；正高32人，副高86人。全院擁有國家注冊咨詢工程師11人、國家注冊環評工程師25人、國家注冊環保工程師4人，有12人獲國貼、省貼、省突表彰，2人被評為省中青年學術技術帶頭人。2人入選省“萬人計劃”。2人為省委聯系專家。多人入選省市專家庫。 

　　基礎占地：院大院占地30畝，科研樓及輔助樓建筑面積6000平米，固定資產原值1200萬元；花紅洞基地占地70畝，建筑面積4000平米。全院擁有大中型科研儀器設備53臺（套）。 

　　內設機構：院現設有高原湖泊研究中心、土壤環境保護研究中心、大氣環境保護研究中心、生態環境保護研究中心、環境規劃研究中心、環境工程技術研究中心、環境分析測試中心、固體廢物防治研究中心、環境風險防控與應急技術研究中心、低碳技術研究中心、環境經濟研究中心等11個科研部門及院辦公室、院黨委辦公室、院科研發展與管理部、計劃財務部4個管理部門。 

　　科研平臺：院建有云南省高原湖泊流域污染過程與管理重點實驗室、云南省重金屬污染控制工程技術研究中心、云南省生態環境智慧治理技術創新中心、云南生態環保智庫（入選CTTI來源智庫名錄）、博士后流動工作站、專家工作站、湖泊水污染與生態修復國家工程實驗室、院技術應用協作創新平臺、花紅洞實驗基地等10個科技創新平臺和院學術委員會、云南省環境標準委員會及全國發行科技學術期刊《環境科學導刊》。 

　　資質水平：院持有工程咨詢、環境污染治理工程專項設計2個甲級資質和生態防治工程設計、水土保持方案編制2個乙級資質及計量認證資質、環境損害賠償司法鑒定資質。在全國同類環境保護科研院所及省級科研院所中，云南省環境科學研究院資質擁有數量和等級均居前列。 

　　作用發揮：院作為省廳直屬科研單位，每年除配合省廳承擔大量科研、規劃和政策研究項目外，還承擔為省廳相關處室提供及時的日常管理支持支撐，在服務全省重點生態環保工作方面，發揮著較為重要的作用。院長期承擔涉及生態環保的各類綜合性和專項規劃，承擔省內重大環保科技項目和政策研究類項目，相當數量科技成果已轉化為政府決策文件。 

　　研究成果：院緊緊圍繞為政府環境管理和為社會環境保護提供服務的基本宗旨，積極承擔重大環保科研、服務項目，取得了較好的成績。近3個五年規劃期間，共完成6000余個各類環境科技項目，涉及國家973、863計劃項目、國家基金項目和水體污染控制與治理重大科技專項及國際合作項目等，先后獲得國家科技進步獎4項，省部級科技進步獎67項，國家專利授權25項，發表論文800余篇，出版專著60余部。 

　　國內外合作領域及機構：院堅持“開放搞建設、合作謀發展”戰略，廣泛開展與省內外、國內外環保科研合作，領域涉及高原湖泊、氣候變化、環境績效評估、企業環境管理、生態環境保護、戰略環評、低碳發展、水資源綜合管理、生物多樣性保護、清潔生產、環境管理和扶貧、城市垃圾綜合管理、排污許可管理等方面。與國家發改委能源研究所、中國21世紀議程管理中心、環境保護部環境規劃院、環保部華南環境科學研究所、清華大學、北京大學、復旦大學、上海交通大學、云南大學等國內學術機構及英國駐華大使館、英國駐重慶總領事館、英國東英吉利大學、英國紐卡斯爾大學、世界自然基金會（WWF）、美國能源基金會、亞洲開發銀行、奧地利環境培訓與國際咨詢中心等8家國際知名機構建立了長期穩定的合作協作關系，并取得豐碩的合作協作成果。 

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