40多年來，院堅持“開放搞建設、合作謀發展”戰略，下大力開展與國外、省內環保科研合作，領域涉及高原湖泊、氣候變化、環境績效評估、企業環境管理、生態環境保護、戰略環評、低碳發展、水資源綜合管理、生物多樣性保護、清潔生產、環境管理和撫平、城市綜合管理、排污許可等管理等方面。國內學術機構及英國駐華大使館、英國駐重慶總領事館、英國東英吉利大學、英國紐卡斯爾大學、世界自然基金會（WWF）、美國能源基金會、亞洲開發銀行、奧地利環境培訓地與國際咨詢中心等國際知名機構以及建立了長期穩定的合作協作關系，并取得豐碩的成果。
國際合作機構
 與德國技術合作機構（GTZ）合作交流 |  國際學術交流 |
 荷蘭援助云南清潔生產項目 |  1985年云南省環境科學所舉辦中日色譜技術交流會 |
 與英國東英吉利大學及復旦大學聯合的丁鋒爾中 心簽署合作 |  與法國駐華使大館科技處參贊座談交流 |
